Forrásmunkákból megállapítható, hogy Szentgotthárd már az õsidõkben is lakott hely volt, felszíne, éghajlata, növényzete, talaja biztosította a megélhetést az õsközösségben élõ emberek számára is. A kõ-, réz-, bronzkórból nincsenek leletek.

Elsõ királyunk, István egyházszervezõ munkája eredményeként még ez a gyéren lakott vidék is a katolikus egyház része lett: a távoli bajorországi, passaui egyházmegyéhez tartozott. 

A város és az apátság a nevét Gotthárdtól, a XI. században élõ bajorországi bencés apáttól, illetõleg püspöktõl kapta, akit 1131-ben avattak szentté (Szent Gotthárd), és aki abban az idõben szintén a bajorországi passaui egyházmegye területén élt. Személyét már életében is nagy tisztelet és csodálat övezte. Hittérítõ papok (bencések) hozták magukkal Gotthárd tiszteletét és kultuszát erre a vidékre is. Így lett száz évvel késõbb, a 12. század elején a helyi plébániatemplom védõszentje Szent Gotthárd, és az õ nevét vette fel a templomhoz tartozó akkori falu is.

A nép kezdetben a falut Gothónak nevezte, és ekkor már létezett Kedhely is. A neve arra utal, hogy keddi napokon tartották itt a vásárt. Létezett már a mai Zsida is, az egykori "Zsidófalva", ahol is zsidók éltek és kereskedelemmel foglalkoztak. Szentgotthárd története tulajdonképpen a Ciszterci Rendnek Szentgotthárdon való megtelepülésével kezdõdik.

A Rába jobb partján levõ teraszon tudták Szentgotthárd alapjait lerakni.

A település története összefügg a cisztercita rend és apátság alapításával. A forrásmunkák szerint 1183-ban III. Béla király 275 km2 területet adományozott a rendnek azzal a céllal, hogy az ország eme területe is bekapcsolódjék a mûvelõdésbe.

Miután a rendi elõírásokban szerepel többek között az is, hogy települési helyül az emberi lakóhelytõl távol esõ, emberkéz által nem bolygatott területet kell választani, feltételezhetõ, hogy III. Béla király ezért jelölte ki a nyugati "gyepû"-részt az új rend telephelyéül. Fentiekbõl következik, hogy korábban itt település nem volt, következésképpen az elsõ telephelynek a monostort kell tekinteni.

Szentgotthárd, azaz az apátsági major építése 1187-tel vette kezdetét. A város magja tehát egyrészt a Rába völgyében, a másik pedig a Zsida-patak mentén jött létre, melyhez "Kethely" is társult.

A majorokban megindult a feudális gazdálkodás. Eddig érintetlen területeket vontak be a termelésbe, meghonosították az ipart, megtanították a lakosságot a kereskedelemre. A XIV. sz. közepén a szentgotthárdi jobbágyközségek népesek, jómódban élnek, állattenyésztésük virágzó.

1350-tõl kezdve a község élete hanyatlásnak indult a monostorral együtt, ezután Zsigmond király 1391-ben a szentgotthárdi apátságot a Széchy családnak adományozta, és három századon át ez a család birtokolta.

1528-ban, a mohácsi csata után Ferdinánd király Serédy Gáspárt nevezte ki gotthárdi apátnak. A Széchy család nem engedte be a birtokra a kinevezett apátot, mely késõbb fegyveres harcra adott okot.

Az 1556-os források vízzárókkal körülvett erõdítményként említik. A késõbbi idõkben sokszor cserélt gazdát, míg a XVII. sz.-ban a monostor teljesen elpusztult. Bocskai hajdúseregei stájerországi portyázásuk alkalmával visszafelé jövet Szentgotthárd felé közeledtek, a hír hallatán Ferdinánd hadvezére, Tieffenbach a monostort a templommal együtt a levegõbe röpíttette. Ezzel a cisztercita rend birtoklása és a szerzetesi élet végképp megszûnt, és megkezdõdött a birtokért a harc a világi urak között.

Ilyen körülmények között jutottak el az 1664-es esztendõhöz, amikor élethalálharcot vívott a nép a törökkel. Montecuccoli vezetésével a Rába menti síkságon ütköztek meg a császári seregek a török haderõvel. A csata augusztus 1-én kezdõdött el, melynek kimenetele végül is az egyesített császári és magyar seregek gyõzelmével végzõdött. A hirtelen keletkezett nagy zápor nyomán megáradtak a folyók és elzárták a törökök visszavonulását. A török sereg nagy része Rábába veszett, a csatatéren 16000-20000 török holtteste hevert.

A források szerint gazdag zsákmányt hagyva maguk mögött, a törökök dél felé menekültek. A Rába áradása miatt Montecuccoli lemondott a török sereg üldözésérõl. Közben a törökök augusztus 5-ig rendezték soraikat, és még egy támadást kezdtek, ami szintén vereséggel végzõdött.

Így folyt le a szentgotthárdi csata, amelynek révén a község neve bekerült a történelembe.

A XVIII. sz.-ban és a XIX. sz. elsõ felében tovább folyik a terület birtoklásáért folyó harc.

A településre ma is jellemzõ forma a XVIII. sz.-ban kezd kialakulni. A város magvát alkotó három major közepén dombon épült a templom, mely uralja ma is az egész környéket. A templom és a kolostor építését 1740-ben kezdték, melynek tervezõje Pilgram Ferenc Antal, bécsi mûvészcsalád sarja. A tízoltáros templom hossza 50,3 méter, szélessége 17,5 méter, magassága 26 méter, a torony magassága 60,5 méter. A homlokzatot a szentek kõszobrai, aranyozott apáti címer, építészeti díszítmények, faragott kõpárkányok ékesítik. A templom festését Gusner Mátyás cisztercita fráter végezte, a kupolákat pedig az akkor híres bécsi akadémia festõje, Dorfmeister és fia készítette. A két nagyméretû mennyezeti freskó a szentgotthárdi csatát és János prófétai látomását örökíti meg. A templom belsõ berendezései közül nagyon szép a barokk stílusú aranyozott szószék, a faragott orgona, valamint a templom pácolt tölgybõl készült, fekete intarziás, faragott padjai, mely Schrezenmayr Gáspár cisztercita fráter 40 évi munkájának eredménye. Említésre méltók még a templom és kolostor ajtajának kilincsei, záróreteszei, hevederjei,sarokvasai, csillárjai. Alkotójuk nevét nem ismerjük.

785-tõl kezdve szerepel Szentgotthárd mint járási székhely. Fejlõdésében jelentõs elõrelépés történik 1873-tól, amikor megépül Graz felé a vasútvonal.

Az I. világháború után fejlõdése megtorpant, a járás területéhez kapcsolják a volt muraszombati járás községeit is.

Gazdasági életében döntõ tényezõ a XIX. sz. második felében megindult iparosodás. Iparosai közül elsõ helyen említjük a molnárokat, a tímárokat, a lábbelikészítõket, kovácsokat és bognárokat.

A mezõgazdaság termékeit a malom- és dohányipar dolgozza fel. A takácsmesterség helyébe lépett a selyemgyár, az õsi kovácsmesterséget felváltotta a modern kaszagyár., illetve mezõgazdasági gépgyár.

A település központja ma városias képet mutat, modern üzletek, éttermek, presszók állnak a vendégek rendelkezésére. Gimnáziuma több neves embert adott már az országnak. Közúti csomópont, 1983-ban városi rangot kapott.